Fakultetsnämnden ska inom sitt ansvarsområde fastställa i vilka ämnen forskarutbildning ska anordnas. Fakultetsnämnden inrättar och avvecklar ämnen. För varje ämne finns ett handledarkollegium och en ämnesspecifik studierektor.

Idag bedrivs utbildning på forskarnivå inom tio ämnen och därutöver samarbetar högskolan med sju nationella forskarskolor. Inom områdena humaniora, samhälls- och vård vetenskap, där MDH saknar egen examinationsrätt, bedrivs även en betydande utbildning på forskarnivå i samarbete med andra lärosäten.